Ο μύθος είναι τριπλός: Πρώτον ότι υπήρξε μαθησιακή διαδικασία, δεύτερον ότι αυτή ήταν κρυφή και τρίτον ότι διοργανώθηκε από την εκκλησία.

Κανένας ιστοριογράφος, Έλληνας ή Ευρωπαίος, δεν παρείχε ποτέ από πρώτο χέρι μαρτυρία για την ύπαρξη τέτοιων σχολείων. Ο συστηματικός ερευνητής του θέματος Γ. Βλαχογιάννης αποφάνθηκε: «Μέσα στον αμέτρητο σωρό ανέκδοτου υλικού για της σκλαβιάς τα σκολειά, που έχω συναγμένο, δεν απάντησα τίποτε που να κάνη λόγο για το σκολειό –έξω από το τραγούδι». Εννοούσε εκτός από την περίπτωση του γνωστού τραγουδιού «Φεγγαράκι μου λαμπρό», που βέβαια ήταν πιθανότατα ένα απλό νανούρισμα: κανένας γονιός δεν έστελνε τα παιδάκια του μέσα στη νύχτα να περπατήσουν στο κρύο προς το μοναστήρι ή προς άλλο απομακρυσμένο σημείο ενώ καραδοκούσαν σε όλη τη χώρα ληστές και άγρια ζώα. Επίσης πολλοί μελετητές τονίζουν ότι ήταν αδύνατο και να εισέλθουν καν σε μοναστήρια αμούστακα παιδιά –για προφανείς, φανταζόμαστε, λόγους (υπήρχε νόμος από το 1076 να μη δέχονται νέους κάτω των 21 ετών). 
Όμως ακόμη κι αν υπήρξαν τέτοια «σχολεία», δεν υπήρχε κανένας λόγος να είναι κρυφά. Η οθωμανική εξουσία αγνοούσε παντελώς την πολιτική σημασία της γλώσσας και πολύ περισσότερο τη σημασία της εθνογένεσης. Δεν αισθανόταν καμία απειλή από τα «γράμματα» και γι’ αυτό δεν είχε κανέναν λόγο να τα απαγορεύσει –είναι χαρακτηριστικό ότι όλες οι γλώσσες της αυτοκρατορίας μιλιούνταν και γράφονταν ελεύθερα. Μάλιστα, την ίδια στιγμή που –υποτίθεται ότι– τα παιδάκια έτρεχαν σε σκοτεινά υπόγεια για να μάθουν, οι σουλτάνοι επέτρεπαν τη λειτουργία –στο φως της ημέρας, στις μεγαλύτερες πόλεις της αυτοκρατορίας αλλά και στο εσωτερικό ξακουστών μονών– των διάσημων σχολών (π.χ. η Μεγάλη του Γένους Σχολή, η Αθωνιάς, η σχολή της Χίου, σειρά σχολών στα Γιάννενα κ.α.). 
Ο Μ. Οικονόμου, γραμματικός του Κολοκοτρώνη, λέει στα «Απομνημονεύματά» του ότι στην Οθωμανική Αυτοκρατορία «επροστατεύετο δε και ελευθέρως ενηργείτο και η εκπαίδευσις». Δεν μπορούσε να πει κάτι άλλο αφού ο ίδιος σπούδασε στη σχολή της πατρίδας του, της Δημητσάνας, δηλαδή στη σχολή της Μονής Φιλοσόφου. Αν υπήρχε «κρυφό σχολειό», ο Δημητσανίτης αυτός θα είχε κάθε λόγο να μνημονεύσει κάτι στο βιβλίο του, αφού ένα από τα ισχυρότερα επιχειρήματα στην καλλιέργεια του μύθου υπήρξε το «κρυφό σχολειό» της εν λόγω Μονής!
Οι σουλτάνοι επέτρεπαν ασφαλώς και την αναπαραγωγή του κλήρου, δηλαδή την εκμάθηση των στοιχειωδών κειμένων, κυρίως για τις ψαλμωδίες, ώστε κάποια παιδάκια να αποτελέσουν τους μελλοντικούς παπάδες και να συνεχιστεί έτσι απρόσκοπτα η λειτουργία της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Όμως τόσο οι «δάσκαλοι» όσο και τα παιδάκια δεν καταλάβαιναν καν τα κείμενα που αποστήθιζαν. Και σε κάθε περίπτωση ο κλήρος δεν είχε θετική συμβολή στις προσπάθειες μόρφωσης της μεγάλης μάζας του πληθυσμού. Αντίθετα, μάλλον την εμπόδιζε, όπως τονίζουν σε πλειάδα κειμένων τους οι διανοούμενοι της επανάστασης. 
Θα πει κανείς: Μύθος είναι και το «κρυφό». Μύθος είναι επίσης ότι οι σκοταδιστές παπάδες είχαν τις γνώσεις να διδάξουν φυσική, μαθηματικά, γεωγραφία ή ιστορία. Ωστόσο δίδαξαν στα παιδιά τη γλώσσα, έστω και για τις ανάγκες της εκκλησίας. Δυστυχώς τα στοιχεία είναι αμείλικτα: Στην πρώτη επίσημη στατιστική έρευνα που έγινε από το ανεξάρτητο ελληνικό κράτος το 1828 αποκαλύφθηκε ότι το ποσοστό αναλφαβητισμού για τους άνδρες ήταν 91%, ενώ για τις γυναίκες δεν υπήρχε κανένα στοιχείο, αλλά προφανώς το ποσοστό ήταν 100% (μόλις το 1870 το ποσοστό των αναλφάβητων γυναικών έπεσε στο 94%!). Αν λάβουμε υπόψη μας ότι είναι βέβαιο πως οι Μεγάλες Σχολές μόρφωσαν αρκετούς άνδρες, το γεγονός ότι χιλιάδες γόνοι πλούσιων οικογενειών διδάσκονταν στο σπίτι τους από έμμισθους δασκάλους, αλλά και το γεγονός ότι ανερχόμενη αστική τάξη μετά το 1570 χρηματοδοτούσε την ίδρυση σχολείων και μετακαλούσε γι’ αυτόν το σκοπό δασκάλους από το εξωτερικό, τότε καταλαβαίνουμε από πού προέρχεται αυτό το 9% των μορφωμένων ανδρών –και τελικά ο μύθος καταλύεται πανταχόθεν: ούτε «κρυφό», ούτε από την εκκλησία, αλλά κυρίως ούτε «σχολειό». 
Για όλους αυτούς τους λόγους ο μύθος ήταν περιθωριακός μέχρι τα τέλη του 19ου αιώνα. Πολλοί πιστεύουν ότι ο γνωστός πίνακας του Ν. Γύζη και το σχετικό ποίημα που έγραψε ο Ιω. Πολέμης, εμπνεόμενος από τον πίνακα ήταν ο κύριοι παράγοντες που ο μύθος ξαναζωντάνεψε. Όμως δεν ήταν μόνον η καταλυτική συμβολή της τέχνης στην εμπέδωση ενός μύθου. Η ελληνική μοναρχία ήταν για πολλές δεκαετίες εχθρική προς την εκκλησία και τα μοναστήρια. Ωστόσο στα τέλη του 19ου αιώνα η ελληνική άρχουσα τάξη και το κράτος της είχαν δυναμώσει σημαντικά και ξεκινούσαν τις μεγάλες κατακτητικές τους προσπάθειες προς τα Βαλκάνια. Είχαν ανάγκη να εμφανίζονται ως προστάτες όλων των ορθόδοξων χριστιανικών πληθυσμών που βρίσκονταν κάτω από την οθωμανική κυριαρχία. Αν η θρησκεία αποτελούσε όπλο γι’ αυτές τις εκστρατείες, γινόταν απαραίτητη η επαναπροσέγγιση με την εκκλησία. Αυτό σήμαινε ότι έπρεπε να ξεχαστεί ο αντιδραστικός ρόλος που έπαιξε συνολικά η εκκλησία στην επανάσταση του 1821 και η μετέπειτα διένεξη με το κράτος. Και ο μύθος του «κρυφού σχολειού» βόλευε εξαιρετικά αυτή την ιστορική αναθεώρηση.